Makrophyten sind Wasserpflanzen, die aufgrund ihrer Größe als einzelne Exemplare sichtbar sind. Hochwüchsige Makrophyten wachsen in der Alten Donau bis an die Wasseroberfläche, die Pflanzenteile verfangen sich leicht in den Schrauben der Bootsmotoren, behindern die Ruderer und auch für Badegäste wird das Schwimmen unangenehm.
Prinzipiell sorgen die Unterwasserpflanzen ja für eine gute Wasserqualität in der Alten Donau, weil sie Schadstoffe filtern und das Wasser mit Sauerstoff anreichern.
Doch durch den Klimawandel verlagern sich die Hochwasser, die normalerweise im Frühling stattfinden und so das Pflanzenmaterial ausspülen, immer öfter in den Sommer. Daher können sich die Algen, die eigentlich Frühlingspflanzen sind, ungehindert vermehren. Das verhindert eine ausgewogene Biodiversität in dem Wiener Gewässer. Andere Wasserpflanzen können sich nicht ausreichend vermehren und werden immer mehr verdrängt.
Daher sind von März bis Oktober an der Alten Donau insgesamt 25 Mähboote im Einsatz, um die hochwüchsigen Algen abzumähen. Taucher schneiden in ufernahen, seichten Bereichen die Unterwasserpflanzen händisch.
Im bisherigen Rekordjahr 2018 waren es 3.350 Tonnen Algen, die abgemäht werden konnten. Im Juni 2022 wurden allein in zwei Wochen bereits 900 Tonnen Algen eingesammelt.
Etwas Gutes kann man aber auch damit erreichen: Die Algen werden gesammelt und zum Kompostwerk in der Lobau gebracht. Dort werden sie zusammen mit den Wiener Bioabfällen zu Bio-Kompost verarbeitet, der dann bei den Wiener Mistplätzen erhältlich ist.